pmid: "35567238"
title: "Posição Genômica e Marcadores Associados à Característica de Semente sem Casca em Abóbora."
authors: "Meru G, Fu Y, Shrestha S, Michael VN, Dorval M, Mainviel R"
journal: "Plants (Basel, Switzerland)"
pubdate: "2022 May 03"
doi: "10.3390/plants11091238"
source: "PMC Full Text"

Posição Genômica e Marcadores Associados à Característica de Semente sem Casca em Abóbora.

Autores

Meru G, Fu Y, Shrestha S, Michael VN, Dorval M, Mainviel R

Periodico

Plants (Basel, Switzerland) (2022 May 03)

Conteudo

Posição Genômica e Marcadores Associados à Característica de Semente sem Casca em Abóbora
As sementes de abóbora (Cucurbita pepo) são nutritivas e valorizadas como fonte de óleo vegetal, proteína, ácidos graxos saudáveis e minerais. As sementes de abóbora naturalmente desprovidas de tegumento (sem casca) são preferidas pela indústria, pois eliminam a necessidade de descasque antes do uso. Um único gene recessivo, designado como n ou h, controla a característica de semente sem casca em abóbora. A seleção visual para a característica é fácil, no entanto, é intensiva em recursos quando aplicada a grandes populações de melhoramento. Ensaios de genotipagem de alto rendimento podem auxiliar na identificação de indivíduos adequados em populações segregantes por meio da seleção assistida por marcadores. No presente estudo, a abordagem QTL-seq foi utilizada para identificar loci genéticos, marcadores SNP e genes candidatos associados à característica sem casca em uma população F2 segregante (n = 143) derivada de um cruzamento entre Kakai (sem casca) × Table Gold Acorn (com casca). A segregação da característica sem casca na população F2 ajustou-se a uma proporção 3:1 (p < 0,05). A análise QTL-seq detectou um único QTL no cromossomo 12 (Qtlhull-less-C12) que foi significativamente associado à característica sem casca em C. pepo. Vinte e oito SNPs foram genotipados na população, dois dos quais (Ch12_3412046 e Ch12_3417142) foram significativamente associados (p < 0,05) à característica sem casca em cultivares e acessos de diverso background genético. Vários genes candidatos estão dentro do intervalo Qtlhull-less-C12, entre eles está a proteína contendo domínio No Apical meristem (NAC) e um gene da Proteína Fibrilar fb11 envolvido no acúmulo de lignina e deposição de parede celular em diferentes espécies de plantas, respectivamente. Os achados deste estudo facilitarão a seleção assistida por marcadores para a característica de semente sem casca em abóbora e aprofundarão nossa compreensão dos mecanismos funcionais subjacentes a essa característica em cucurbitáceas.

1. Introdução
   As sementes de abóbora (Cucurbita pepo) fornecem uma importante fonte de nutrição e renda em todo o mundo. Na indústria de confeitaria, a semente de abóbora é consumida principalmente como lanche em misturas de trilha ou como ingrediente alimentar funcional em barras nutricionais, cereais e pão. Além disso, o óleo extraído da semente de abóbora é vendido para uso na indústria culinária e de suplementos nutricionais. A semente de abóbora é um alimento densamente nutritivo, rico em óleo (50% p/p), proteína (>35%), ácidos graxos insaturados saudáveis (>85%) e antioxidantes. Esses benefícios nutricionais estão associados a um risco reduzido de doenças cardíacas e certos tipos de câncer.
   Várias espécies de Cucurbita são utilizadas para a produção de sementes de abóbora. Na Europa, evidências da produção comercial de sementes de abóbora (C. pepo) para a produção de sementes e óleo datam do século XVII, na Áustria. Na América do Norte, cultivares de C. maxima, C. pepo e C. argyrosperma cultivadas principalmente para o consumo da polpa são usadas para atender à demanda por sementes de abóbora. Muitas características são importantes no melhoramento de sementes de abóbora, sendo as principais o rendimento de sementes, o tamanho das sementes, a densidade nutricional e o fenótipo da casca da semente. O rendimento de sementes é uma função do índice de colheita, do índice de sementes, do índice de rendimento de sementes e do tamanho das sementes. O tamanho da semente é importante na indústria de confeitaria, onde sementes maiores são preferidas para petiscos, mas menos importante para a produção de óleo, onde as sementes de abóbora são colhidas mecanicamente. O conhecimento da variação natural no conteúdo nutricional (óleo, proteína e composição de ácidos graxos) entre acessos de Cucurbita é bem estabelecido e pode ser explorado para desenvolver cultivares de sementes de abóbora com valor nutricional aprimorado. O fenótipo da casca da semente é uma consideração importante no melhoramento de cultivares de sementes de abóbora. Cultivares de abóbora com sementes com casca devem ser descascadas mecanicamente antes do uso em determinados mercados, aumentando assim o custo de produção. Por outro lado, as sementes de abóbora sem casca não requerem descascamento antes do uso e são preferidas pela indústria.
   Originalmente, a produção comercial de sementes de abóbora dependia de cultivares de C. pepo com sementes com casca. No entanto, no século XIX, uma mutação espontânea resultou em cultivares de C. pepo desprovidas de tegumento (fenótipo de semente sem casca) na Áustria. O fenótipo de semente sem casca em C. pepo é controlado por um único alelo recessivo (designado n ou h) com potenciais modificadores. Esse alelo resulta na diminuição da deposição de lignina e celulose nos tecidos da hipoderme, esclerênquima e parênquima do tegumento da semente de abóbora. Embora a seleção visual para o tegumento sem casca seja fácil, ela consome muitos recursos quando aplicada a populações de melhoramento grandes e complexas. Por outro lado, a seleção assistida por marcadores (SAM) para o tegumento sem casca pode facilitar a rápida identificação de indivíduos desejáveis nas gerações iniciais, economizando assim recursos de melhoramento. O locus h na cultivar de abóbora para sementes Lady Godiva foi mapeado como uma característica morfológica no grupo de ligação LGp9 de C. pepo, fornecendo uma região para o design e desenvolvimento de marcadores. Vários marcadores de sequências simples repetidas (SSR) adjacentes ao locus podem ser úteis na SAM, mas não foram validados em diversos backgrounds genéticos e exigem ensaios caros de eletroforese capilar para genotipagem de alto rendimento. Além disso, atualmente não há genes candidatos descritos para o tegumento sem casca em C. pepo que facilitariam a caracterização dos mecanismos subjacentes à característica. A recente disponibilidade de um transcriptoma para tecido de fruto e semente de cultivares sem casca (Lady Godiva) e com casca (Sweet REBA) forneceu um recurso importante para a identificação de genes-chave envolvidos na via metabólica para a formação do tegumento da semente em C. pepo.

A abordagem QTL-seq combina análise de segregantes em bulk com resequenciamento do genoma completo para identificar marcadores de polimorfismo de nucleotídeo único (SNP) fortemente ligados a uma característica de interesse e foi aplicada com sucesso em culturas de Cucurbita. A disponibilidade de marcadores SNP fortemente ligados ao tegumento sem casca em C. pepo, associada a um sistema de genotipagem de alto rendimento, como a reação em cadeia da polimerase alelo-específica competitiva (KASP), permitiria a rápida introgressão da característica em programas de melhoramento de abóbora. O objetivo do presente estudo foi empregar a abordagem QTL-seq para caracterizar melhor o locus sem casca em C. pepo, identificar genes candidatos, e desenvolver e validar ensaios KASP de alto rendimento para SAM no melhoramento de abóbora.

2. Materiais e Métodos

2.1. Material Vegetal, Desenvolvimento da População e Fenotipagem
Um cruzamento interespecífico foi realizado em estufa entre Kakai (fenótipo de semente sem casca, materno) e Table Gold Acorn (característica de semente com casca, paterno). Kakai (C. pepo subespécie pepo) é uma abóbora semivinhateira cultivada para sementes sem casca e fins ornamentais (peso médio do fruto de 3 kg), enquanto Table Gold Acorn (C. pepo subespécie ovifera) é uma abóbora tipo bolota de polpa comestível (peso médio do fruto de 0,6 kg) (Figura S1). Uma única planta F1 foi autopolinizada para gerar uma população F2 (n = 143). Os parentais (n = 12, cada), F1 (n = 12) e a população F2 foram germinados em estufa e transplantados para o campo após três semanas na Universidade da Flórida, Centro de Pesquisa e Educação Tropical, Homestead, Flórida. O manejo padrão da cultura foi implementado seguindo as práticas recomendadas para produção comercial de abóbora na Flórida. Um único fruto foi gerado para cada indivíduo F2 por meio de autopolinização. Na maturidade, cada fruto foi colhido e as sementes extraídas para determinar o fenótipo da semente (sem casca vs. com casca).
2.2. Extração de DNA e Re-Sequenciamento do Genoma Inteiro
O material foliar foi coletado em nitrogênio líquido de cada indivíduo F2 e armazenado a −80 °C para análises futuras. O DNA foi extraído de dez indivíduos F2 sem casca e dez com casca e dos parentais utilizando o kit FavorPrep Plant DNA (Favorgen Biotech Corp., Ping-Tung, Taiwan) de acordo com as instruções do fabricante. A concentração de DNA foi determinada usando o Espectrofotômetro NanoDrop 8000 (Thermo Fisher Scientific, Waltham, MA, EUA) e uma quantidade igual (500 ng) de cada indivíduo que constituía os bulks foi reunida. A construção da biblioteca paired-end (2 × 150) e o re-sequenciamento do genoma inteiro dos dois bulks e dos parentais foram realizados no centro de sequenciamento BGI (Shenzhen, Guangdong, China) usando o Illumina HiSeq X (Illumina, Inc., San Diego, CA, EUA).
2.3. Análise QTL-Seq
As leituras de sequenciamento paired-end dos parentais foram mapeadas no genoma de referência de C. pepo usando BWA-MEM. Um arquivo fasta de referência consenso foi gerado usando SAMtools, substituindo os alelos de referência de C. pepo pelos respectivos alelos parentais ao longo do genoma. A chamada de variantes entre os bulks sem casca e com casca foi realizada primeiro alinhando as leituras à sequência de referência consenso, seguida pela remoção de leituras duplicadas e chamada de variantes no GATK. As variantes foram compiladas usando GVCFs para obter um arquivo VCF de variantes brutas, que foi usado como dado bruto de entrada para uma análise de QTL no QTLseqr. A função runQTLseqAnalysis foi implementada no QTLseqr para detectar QTL significativamente associado ao fenótipo de semente sem casca em C. pepo. O índice SNP (SNP-index) em todos os loci foi calculado como a proporção de leituras que eram diferentes do alelo de referência parental, enquanto o ∆SNP-index foi calculado determinando a diferença entre o SNP-index dos bulks sem casca e com casca em cada posição de SNP. Regiões candidatas de QTL foram detectadas usando uma janela deslizante de 1 Mb em R, e os intervalos de confiança para os ∆SNP-indices foram determinados usando 10.000 simulações.
2.4. Teste de Marcadores e Genes Candidatos
Vinte e oito marcadores SNP (Tabela S1) dentro do QTL identificado foram convertidos em ensaios KASP (LGC Genomics LLC., Teddington, Reino Unido) e genotipados nos indivíduos que constituem os bulks sem casca e com casca na população F2. Marcadores significativos nos bulks foram posteriormente validados em variedades locais e cultivares comerciais com fenótipo de semente sem casca ou com casca, bem como em toda a população F2. A genotipagem para os marcadores KASP foi realizada em reações de 10 μL contendo 5 μL de 2x low rox KASP master mix (LGC Genomics LLC., Teddington, Reino Unido), 0,16 μL de cada primer direto (10 μM), 0,41 μL de primer reverso, 2 μL de DNA genômico (50 ng/μL) e 2,27 μL de H2O. As condições de PCR consistiram em uma incubação inicial a 94 °C por 15 min, uma PCR touchdown a 94 °C por 20 s, 61 °C por 60 s, com uma diminuição de 0,6 °C por ciclo por 10 ciclos, seguida por 26 ciclos de 94 °C por 20 s e 55 °C por 60 s. As leituras fluorescentes de ponto final e a chamada de clusters foram realizadas usando LightCycler® 480 Instrument II (Roche Life Sciences, Penzberg, Alemanha). Associações significativas marcador-caráter foram determinadas usando o teste de Kruskal–Wallis (p ≤ 0,05) em R e confirmadas por mapeamento intervalar não paramétrico no R/qtl. Os valores de LOD (Likelihood of the odds) foram determinados usando 4000 permutações e o limiar de significância foi visto no nível de confiança de 99 por cento. Genes candidatos foram identificados varrendo o intervalo do QTL em busca de homólogos envolvidos na biossíntese de lignina e celulose em plantas usando o Cucurbit Genomics Database.
3. Resultados
3.1. Dados Fenotípicos
Na maturidade do fruto, as sementes de Kakai exibiram o fenótipo sem casca, desprovidas de tegumento, enquanto aquelas de Table Gold Acorn e da F1 apresentaram o fenótipo de semente com casca (Figura 1). Entre os 143 indivíduos F2, 112 e 31 eram dos fenótipos de semente com casca e sem casca, respectivamente, e segregaram em uma proporção fenotípica de 3:1 (p < 0,05) (Tabela 1 e Figura 1).
3.2. Análise de QTL
A taxa de mapeamento entre os genótipos variou de 95,31 a 98,91% com uma profundidade média de sequenciamento entre 57,78 a 70,26 (Tabela 2).
O alinhamento dos bulks sem casca e com casca ao genoma de referência consenso revelou 1.682.633 e 2.077.247 SNPs, respectivamente. A análise QTL-seq detectou um único QTL no cromossomo 12 (Qtlhull-less-C12) significativamente associado ao fenótipo de semente sem casca em C. pepo (Figura 2 e Figura S2). Qtlhull-less-C12 se estendeu de 1,25 Mb a 5,68 Mb no cromossomo 12. Uma posição genômica semelhante para Qtlhull-less-C12 foi identificada quando Kakai foi usado como sequência de referência consenso (Figura S3).
3.3. Validação de Marcadores e Genes Candidatos
Entre os vinte e oito KASP genotipados nos bulks, doze estavam significativamente ligados (logaritmo de probabilidade (LOD) > 3) ao fenótipo de semente sem casca em C. pepo (Tabela 3). Associações marcador-característica foram ainda confirmadas usando mapeamento intervalar não paramétrico nos indivíduos F2 que constituem os bulks (Figura S4). Os doze marcadores foram genotipados e testados quanto à associação com a característica sem casca em um conjunto de cultivares e variedades locais de diferentes origens genéticas. Entre os doze, dois marcadores SNP (Ch12_3412046 e Ch12_3417142) foram consistentemente associados (p < 0,05) à característica sem casca (Tabela 4 e Tabela S2).
Esquema 12. 3412046 e Ch12_3417142 foram testados em toda a população F2 e confirmados como significativamente ligados à característica sem casca em C. pepo (valor p 0,00002) (Figura 3).
Uma varredura do intervalo Qtlhull-less-C12 revelou 363 genes, dois dos quais têm envolvimento previsto na biossíntese de celulose e lignina em plantas. O gene Cp4.1LG12g04350 (3.411.999–3.413.380) é uma proteína contendo domínio NAC com > 80% de homologia com a proteína WOOD-ASSOCIATED NAC DOMAIN 3 (PdWND3A) em Populus (Populus deltoides). Por outro lado, Cp4.1LG12g04470 (3.712.591–3.716.476) é um gene da proteína Fibra fb11 homólogo à proteína unigene AL_TUS_1279 em pinheiro de Monterey (Pinus radiata). Interessantemente, o marcador SNP Ch12_3412046 está localizado dentro do primeiro éxon de Cp4.1LG12g04350 (C/T: com casca/sem casca). Por outro lado, o marcador SNP Ch12_3417142 (A/C: com casca/sem casca) está 3,7 Kb a jusante de Cp4.1LG12g04350 e 295 Kb a montante de Cp4.1LG12g04470.
O melhoramento eficiente para a característica de semente sem casca em C. pepo requer um ensaio robusto de alto rendimento para MAS. Embora a seleção visual para a característica seja fácil, é intensiva em recursos, pois exige o desenvolvimento de grandes populações segregantes avançadas e a eliminação de indivíduos indesejáveis no programa de melhoramento. Trabalhos anteriores de mapeamento em C. pepo ajudaram a identificar a localização da característica no grupo de ligação LGp9, mas os ensaios de alto rendimento para os marcadores SSR adjacentes ao locus são dispendiosos. Os ensaios KASP baseados em SNP são uma alternativa adequada, pois oferecem menos tempo de manuseio e permitem genotipagem de alto rendimento com taxa de erro reduzida. No presente estudo, a abordagem QTL-seq foi utilizada para saturar a localização genômica da característica de semente sem casca em C. pepo com marcadores SNP e desenvolver marcadores KASP para genotipagem de alto rendimento e MAS no melhoramento de abóbora.

A proporção fenotípica de 3:1 (com casca: sem casca) observada na população F2 corrobora relatos anteriores de que um único gene recessivo (h) controla a característica de semente sem casca em C. pepo. No presente estudo, um único QTL (Qtlhull-less-C12) associado ao fenótipo de semente sem casca em Kakai foi detectado no cromossomo 12 do genoma de C. pepo. Qtlhull-less-C12 corresponde ao locus h previamente mapeado na cultivar Lady Godiva (sem casca) no grupo de ligação LGp9, validando ainda mais a posição do QTL. O marcador SSR (CMTm239-CAAAGATCTGTTGTGTCAGAGT) mais próximo ao locus h em LGp9 se estende de 4.753.918 a 4.753.939 pb no cromossomo 12 e mapeia dentro do intervalo Qtlhull-less-C12. Entre os marcadores testados dentro de Qtlhull-less-C12, doze foram significativamente associados à característica de semente sem casca nos pools F2. No entanto, dez desses marcadores não foram úteis quando testados entre variedades locais e cultivares dentro da subespécie pepo. Isso era esperado devido à baixa diversidade genética e ao polimorfismo de marcadores no nível de subespécie em C. pepo. Análise adicional identificou dois marcadores SNP (Ch12_3412046 e Ch12_3417142) que eram polimórficos dentro da subespécie pepo e podiam distinguir entre cultivares e acessos de diferentes backgrounds genéticos. Surpreendentemente, um indivíduo F2 (SS1135-1-65; Figura 1) apresentou fenótipo de semente sem casca, apesar de apresentar um genótipo AB (Figura 3). Isso pode implicar que outros potenciais loci modificadores não capturados no presente estudo podem desempenhar um papel na formação da casca da semente. De fato, observamos variação menor no grau de cobertura da casca entre os indivíduos F2 com fenótipo de semente sem casca.
O marcador SNP Ch12_3412046 está localizado dentro do gene Cp4.1LG12g04350, uma proteína contendo domínio NAC homóloga à proteína WOOD-ASSOCIATED NAC DOMAIN protein 3 (PdWND3A) em Populus. Mutantes de Populus superexpressando PdWND3A foram relatados por apresentar uma quantidade significativamente maior de teor de lignina quando comparados ao tipo selvagem. Na mamona (Ricinus communis L.), genes contendo domínio NAC foram relatados como superexpressos em tecidos de sementes de genótipos com maior acúmulo de lignina. Se Cp4.1LG12g04350 contribui para o acúmulo de lignina na casca da semente de abóbora, esperaríamos uma expressão mais alta do gene no parental com casca. No entanto, ao contrário, Wyatt et al. relataram que os níveis de transcritos de Cp4.1LG12g04350 eram significativamente mais altos na cultivar sem casca (Lady Godiva) quando comparados ao parental com casca (Sweet REBA). Portanto, é provável que Cp4.1LG12g04350 contribua para o acúmulo diferencial do teor de lignina em outros tecidos do fruto e não na semente (PRJNA339848; , acessado em 10 de fevereiro de 2022). Por outro lado, Cp4.1LG12g04470 é um gene da proteína fb11 Fiber homólogo a AL_TUS_1279, um unigene em Pinus radiata envolvido na deposição de parede celular e densidade da madeira juvenil. No entanto, os transcritos de Cp4.1LG12g04470 não foram diferencialmente acumulados entre tecidos de sementes sem casca e com casca ao longo dos pontos de tempo.

5. Conclusões
   No presente estudo, o QTL-seq foi empregado para identificar um QTL (Qtlhull-less-C12) e marcadores SNP associados à característica de semente sem casca em C. pepo. Entre os vinte e oito marcadores SNP testados, dois (Ch12_3412046 e Ch12_3417142) foram significativamente associados à característica de semente sem casca na população F2 e validados em um conjunto de variedades locais e cultivares de diferentes origens genéticas. Os marcadores KASP desenvolvidos e validados no presente estudo facilitarão a MAS para a característica de semente sem casca em abóbora.

Nota do Editor: A MDPI permanece neutra em relação a reivindicações jurisdicionais em mapas publicados e afiliações institucionais.

Materiais Suplementares
Os itens a seguir estão disponíveis online em , Tabela S1: Sequência e localização genômica dos vinte e oito marcadores SNP analisados na população F2 entre Kakai (sem casca) e Table Gold Acorn (com casca). Tabela S2: Genótipo do marcador SNP para dois marcadores KASP (Ch12_3412046 e Ch12_3417142) e fenótipo correspondente da semente para acessos de Cucurbita pepo analisados no estudo. Figura S1: Fruto (a) e sementes (b) das cultivares Kakai (sem casca) e Table Gold Acorn (com casca) usadas para gerar a população de mapeamento F2 no estudo. Figura S2: Locos de características quantitativas (QTL) associados ao fenótipo de semente sem casca em Cucurbita pepo no cromossomo 12 usando Table Gold Acorn como genoma de referência consenso. As linhas azul, vermelha e verde representam intervalos de confiança (IC) de 90, 95 e 99%, respectivamente. Figura S3: Locos de características quantitativas (QTL) associados ao fenótipo de semente sem casca em Cucurbita pepo no cromossomo 12 usando Kakai como genoma de referência consenso. As linhas vermelha, verde e azul representam intervalos de confiança (IC) de 90, 95 e 99%, respectivamente. Figura S4: Logaritmo das chances (LOD) para os doze marcadores SNP genotipados nos indivíduos que constituem os pools com casca e sem casca. A linha tracejada verde representa intervalo de confiança de 99%.
Contribuições dos Autores
Conceitualização, G.M.; metodologia, G.M., Y.F., S.S., V.N.M., M.D. e R.M.; análise formal, Y.F., S.S. e V.N.M.; redação—preparação do rascunho original, G.M.; redação—revisão e edição, G.M., Y.F., S.S., V.N.M., M.D. e R.M.; aquisição de financiamento, G.M. Todos os autores leram e concordaram com a versão publicada do manuscrito.
Declaração do Conselho de Revisão Institucional
Não aplicável.
Declaração de Consentimento Informado
Não aplicável.
Declaração de Disponibilidade de Dados
Os dados apresentados neste estudo estão disponíveis mediante solicitação ao autor correspondente. Os dados não estão disponíveis publicamente devido à busca por marcadores funcionais e potencial propriedade intelectual.
Conflitos de Interesse
Os autores declaram não haver conflito de interesse.
Referências
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O potencial para produção de sementes de abóbora para processamento no Nordeste de Victoria
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Fenótipo de sementes sem casca e com casca nos pais (Kakai e Table Gold Acorn), na F1 (SS1135-1) e segregação nos indivíduos F2 que constituem os bulks sem casca (SS1135-1-11, 20, 38, 42, 65, 68, 114, 167, 185 e 193) e com casca (SS1135-1-3, 30, 36, 43, 55, 125, 127, 128, 150 e 191) usados para análise QTLseq.
Loci de características quantitativas (regiões dentro do quadrado azul claro) associados ao fenótipo de semente sem casca na cultivar Kakai (Cucurbita pepo) no cromossomo (chr) 12 usando Table Gold Acorn como genoma de referência consenso. As linhas tracejadas pretas representam a média condicional suavizada do índice SNP para os bulk com casca (HUB) e sem casca (NAB), enquanto a linha azul sólida representa o ∆SNP tricube para o índice ∆SNP (índice SNP HUB − índice SNP NAB). As linhas pontilhadas azul e vermelha no gráfico do índice ∆SNP são os intervalos de confiança de 90% e 95% para as regiões, respectivamente.
Gráfico de genótipo para marcadores SNP (a) Ch12_3412046 e (b) Ch12_3417142 na população F2 (n = 143) e a distribuição fenotípica correspondente. AA, AB e BB representam estado homozigoto para fenótipo com casca, estado heterozigoto para fenótipo com casca e estado homozigoto para fenótipo sem casca, respectivamente. Cada ponto no gráfico representa um indivíduo F2 na população.
Teste qui-quadrado para a herança da característica de semente sem casca na população F2 entre Kakai (sem casca) e Table Gold Acorn (TGA, com casca).
Genótipo Com Casca Sem Casca Proporção Esperada (Com Casca: Sem Casca) χ2 Valor de p Kakai 0 12 - - Table Gold Acorn 12 0 - - F1: Kakai × TGA 12 0 - - F2: Kakai × TGA 112 31 3:1 0,841 0,3590 (NS)
NS = valor de χ2 não significativo (valor de p > 0,05), aceita-se a hipótese esperada de proporção 3:1.
Estatísticas de resequenciamento do genoma completo para os parentais sem casca e com casca e os bulks usados no estudo.
Genótipo Taxa de Mapeamento (%) Profundidade de Sequenciamento Kakai 98,91 57,78 Table Gold Acorn 97,24 68,79 Bulk com casca 95,31 67,71 Bulk sem casca 97,81 70,26
Posição cromossômica (Cromossomo 12 (Ch12)), valores de p e escores LOD dos marcadores SNP testados para associação com a característica de semente sem casca nos indivíduos que constituem os bulks na população F2 entre Kakai (sem casca) e Table Gold Acorn (com casca).
Marcador Posição Genômica (bp) 1 Mutação Valor de p * LOD * Ch12_2976476 2976476 T/C 0,0006 4,72 Ch12_3412046 3412046 C/T 0,0006 4,72 Ch12_3412133 3412133 C/T 0,0006 4,72 Ch12_3412203 3412203 C/T 0,002 4,70 Ch12_3412341 3412341 T/C 0,0006 4,72 Ch12_3417142 3417142 A/C 0,0006 4,72 Ch12_4323103 4323103 A/G 0,0001 6,01 Ch12_4326161 4326161 C/T 0,0001 6,01 Ch12_4326524 4326524 A/G 0,0001 6,01 Ch12_4327827 4327827 C/T 0,04 3,20 Ch12_4328336 4328336 T/C 0,03 3,04 Ch12 _4382130 4382130 C/T 0,0001 5,99

• Associação significativa dos marcadores com a característica de semente sem casca (p < 0,05) para o teste de Kruskal–Wallis e 99% para escores LOD; 1 Posição do marcador no genoma de Cucurbita pepo.
  Posição cromossômica e valores de p do teste de Kruskal–Wallis dos marcadores SNP testados para associação com a característica de semente sem casca em cultivares e variedades locais de diferentes origens genéticas.
  Marcador Posição Genômica (pb) 1 p-Valor * Ch12_2976476 2976476 0,31 Ch12_3412046 3412046 0,008 * Ch12_3412344 3412344 0,31 Ch12_3412203 3412203 0,31 Ch12_3412341 3412341 0,80 Ch12_3417142 3417142 0,002 * Ch12_4323103 4323103 0,22 Ch12_4326161 4326161 0,08 Ch12_4326524 4326524 0,056 Ch12_4327827 4327827 0,06 Ch12_4328336 4328336 0,09 Ch12 _4382130 4382130 0,09
• Associação significativa dos marcadores com a característica de semente sem casca (p < 0,05); 1 Posição do marcador no genoma da Cucurbita pepo.